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永乐高ylg888888:永乐高ylg888888李加琪/张哲教授团队在猪大规模复杂性状遗传解析方面取得新进展

发布者:dongke发布时间:2023-11-14浏览次数:10

近日,猪禽种业全国重点实验室、国家生猪种业工程技术研究中心、广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室,我校永乐高ylg888888李加琪/张哲教授团队联合国内外多家合作单位,成功构建了猪大规模复杂性状遗传解析数据库PigBiobank (http://pigbiobank.farmgtex.org/),并于2023年11月13日在国际权威期刊Nucleic Acids Research(IF=14.9)发表了题为“PigBiobank: a valuable resource for understanding genetic and biological mechanisms of diverse complex traits in pigs”的研究论文(论文链接:https://doi.org/10.1093/nar/gkad1080)。


  


  精准解析猪复杂性状对了解动物复杂性状遗传调控机制和提高猪群生产性能意义重大。然而,当前以猪复杂性状为核心的综合性数据库匮乏,极大地限制了不同领域科学家对猪复杂性状遗传机制的深入探索。为帮助更多领域科学家精准解析猪复杂性状,作为FarmGTEx国际畜禽动物研究计划PigGTEx联盟的系列工作之一, PigBiobank收集了来自全球71, 885头猪的264个复杂性状全基因组关联分析(GWAS)结果、PigGTEx项目产生的猪34个组织5类分子数量基因座(molQTLs)结果、Ensembl等多种来源的猪多组学数据以及UKB等跨物种复杂性状数据,并对这些大数据资源进行统一的整合分析和可视化,进而形成了以猪复杂性状为核心的综合性数据库 PigBiobank (http://pigbiobank.farmgtex.org/)。

  


  当前版本的PigBiobank数据库中涵盖了猪复杂性状相关的丰富的数据,包括:猪264项全基因组关联研究(GWAS)的1371288个显著位点、猪34个组织5种分子表型的161680个全转录组关联分析(TWAS)显著位点、40978个孟德尔随机化(MR)显著关联结果、30347个共定位分析(COLOC)显著关联结果,以及复杂性状显著位点的富集分析和基于统计量的遗传参数等。PigBiobank网站提供了包括性状、基因、基因组变异和基因组区域在内的4类查询入口和用户友好的查询界面,同时还提供PheWAS、Cross-Species comparison等在线分析工具。作为猪遗传育种领域重要的公共资源和PigGTEx联盟的重要工作之一,PigBiobank将得到持续的更新,为全球研究者持续提供猪复杂性状相关的大数据支撑。

  永乐高ylg888888博士生曾浩南、博士生张文劲、博士生林清及高亚辉副教授为论文第一作者。永乐高ylg888888张哲教授、奥胡斯大学房灵昭助理教授、中国农业大学丁向东教授为论文的通讯作者,我校永乐高ylg888888李加琪教授参与了项目指导。此外,中国农业科永乐高ylg888888北京畜牧兽医研究所、中山大学、南京农业大学、四川农业大学、山东农业大学、广西大学等国内外15家研究机构参与了该研究。该研究得到国家自然科学基金(32022078)、国家重点研发计划项目(2022YFF1000900)、广东特支计划畜禽种业本土创新团队项目(2019BT02N630)和国家生猪产业技术体系(CARS-35)等项目的资助。


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